组织机构
一、内设党政管理机构
（一）办公室（党委巡察办）
（二）纪检监察处
（三）组织部
（四）宣传部
（五）统战部
（六）学生处（学生工作部、武装部）
（七）教务处
（八）财务处
（九）人事处
（十）审计处
（十一）保卫处
（十二）招生就业处
（十三）科研产业处
二、教学科研类机构
（一）农学与园艺技术学院
（二）畜牧兽医学院（宠物科技学院）
（三）食品药品与大健康学院
（四）智慧农业工程学院
（五）经济管理学院
（六）互联网技术学院
（七）云安农文旅产业学院
（八）马克思主义学院
（九）通识教育学院
（十）创新创业学院
（十一）继续教育与培训学院
（十二）种畜技术研发中心
三、服务保障类机构
（一）后勤管理服务中心
（二）采购中心
（三）基建管理中心
（四）对外合作交流中心
（五）教学质量监控管理中心
（六）发展规划管理中心（职业教育研究中心）
（七）实践教学中心（校企合作中心）
（八）离退休人员管理服务中心
（九）数据与信息管理中心
（十）图书馆
（十一）《云南农业》编辑部
（十二）党委教师工作部（与人事处合署办公）
（十三）心理健康教育与咨询中心
四、其他机构
（一）中共云南农业职业技术学院职能部门总支部委员会
（二）云南农业职业技术学院工会委员会
（三）中国共产主义青年团云南农业职业技术学院委员会
（四）资产经营有限公司